Universitas Dr. Soetomo sebelum tahun 2008, telah melakukan upaya evaluasi diri dan pengendalian mutu internal yang dilakukan secara mandiri di tingkat fakultas. Upaya evaluasi di tiap fakultas ini tentu memiliki indikator dan cara kerja sendiri-sendiri sesuai dengan ciri khas fakultas. Adapun untuk audit eksternal, pada setiap program studi dan institusi dilakuan oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Dengan keadaan yang seperti itu, perlu dibentuk secara formal dan legal sebuah badan di tingkat institusi untuk pengendalian mutu dan kualitas pada seluruh kegiatan dan keadaan civitas akademika sebagai acuan dalam indikator dan strategi pencapaian mutu institusi.
Tahun 2008, terbentuklah Badan Penjamin Mutu (BPM) di tingkat universitas sebagai Badan pengendali mutu untuk keperluan internal dan eksternal dengan ketetapan Rektor nomor OU.236/A.2.14/XI/2008. Pembentukan dan ketetapan Badan Penjamin Mutu ini mengacu pada UU RI No: 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Diploma, Sarjana, Pascasarjana di Perguruan Tinggi, serta Statuta Universitas Dr. Soetomo Surabaya tahun 2008. Pada ketetapan ini diberlakukan sejak tanggal 3 November 2008, dengan istilah resminya Badan Penjaminan Mutu dan Kerjasama (BPMK). Dalam pelaksaan tugasnya, badan ini bertanggung jawab ke Rektor.
Adapun tugas pokok yang tertera dalam ketetapan rektor tersebut antara lain,
- Mempersiapkan dan melaksanakan pengawasan penjaminan mutu penyelenggaraan proses akademis di lingkungan Universitas Dr. Soetomo.
- Memfasilitasi, melaksanakan dan meningkatkan kerjasama Universitas Dr. Soetomo dengan instansi pemerintah maupun swasta dan atau sebaliknya.
- Mengevaluasi penjaminan mutu penyelenggaraan proses akademis dan kerjasama di lingkungan Universitas Dr. Soetomo