Universitas Dr. Soetomo sebelum tahun 2008, telah melakukan upaya evaluasi diri dan pengendalian mutu internal yang dilakukan secara mandiri di tingkat fakultas. Upaya evaluasi di tiap fakultas ini tentu memiliki indikator dan cara kerja sendiri-sendiri sesuai dengan ciri khas fakultas. Adapun untuk audit eksternal, pada setiap program studi dan institusi dilakuan oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Dengan keadaan yang seperti itu, perlu dibentuk secara formal dan legal sebuah badan di tingkat institusi untuk pengendalian mutu dan kualitas pada seluruh kegiatan dan keadaan civitas akademika sebagai acuan dalam indikator dan strategi pencapaian mutu institusi.
Tahun 2008, terbentuklah Badan Penjamin Mutu (BPM) di tingkat universitas sebagai badan pengendali mutu untuk keperluan internal dan eksternal dengan ketetapan Rektor nomor OU.236/A.2.14/XI/2008. Pembentukan dan ketetapan Badan Penjamin Mutu ini mengacu pada UU RI No: 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Diploma, Sarjana, Pascasarjana di Perguruan Tinggi, serta Statuta Universitas Dr. Soetomo Surabaya tahun 2008. Pada ketetapan ini diberlakukan sejak tanggal 3 November 2008, dengan istilah resminya Badan Penjaminan Mutu dan Kerjasama (BPMK). Dalam pelaksaan tugasnya, badan ini bertanggung jawab ke Rektor.
Adapun tugas pokok yang tertera dalam ketetapan rektor tersebut antara lain,
- Mempersiapkan dan melaksanakan pengawasan penjaminan mutu penyelenggaraan proses akademis di lingkungan Universitas Dr. Soetomo.
- Memfasilitasi, melaksanakan dan meningkatkan kerjasama Universitas Dr. Soetomo dengan instansi pemerintah maupun swasta dan atau sebaliknya.
- Mengevaluasi penjaminan mutu penyelenggaraan proses akademis dan kerjasama di lingkungan Universitas Dr. Soetomo.
Pada perkembangan selanjutnya Badan Penjamin Mutu bertugas untuk menetapkan, memonitoring, mengevaluasi, dan menindaklanjuti hasil evaluasi tentang kualitas penyelenggaraan tri dharma perguruan tinggi, manajemen kelembagaan, dan sumber daya manusia secara holistik. Dalam menetapkan kualitas yang holistik pada institusi, Badan ini berdasar pada ketetapan Menteri Pendidikan Republik Indonesia pada masa berlakunya ketetapan dan berusaha bersandar pada pemenuhan standar-standar yang ditetapkan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi atau Lembaga Akreditasi Mandiri.
BPM Unitomo terdiri dari dua bidang yakni Audit Mutu Internal dan Sistem Penjaminan Mutu Internal. Bidang Audit Mutu Internal bertugas menetapkan standar mutu institusional untuk pelaksanaan tri dharma perguruan tinggi dan managemen penyelenggaraan institusi secara holistic berdasar renstra dan statuta institusi. Untuk referensi penetapan standar juga berdasar Ketetapan Mendikbud yang berlaku, serta standar badan akreditasi untuk perguruan tinggi.
Dalam pelaksaan SPMI di tiap fakultas dibentuk Gugus Penjamin Mutu yang bergerak dalam penetapan dan pengendalian mutu di tingkat fakultas. Pajabat Gugus Penjamin Mutu ditetapkan oleh Rektor atas usulan Dekan di masing-masing fakultas. Gugus Penjamin Mutu dalam menetapkan standar mutu, mengendalikan, dan mengevaluasi mutu serta dalam menjalankan tugas berpegang pada standar mutu yang telah ditetapkan oleh SPMI.
Bidang audit mutu internal berwenang dengan segala proses pengujian yang sistematik, mandiri dan terdokumentasi untuk memastikan pelaksanaan kegiatan di perguruan tinggi sesuai prosedur dan hasilnya telah sesuai dengan standar untuk mencapai tujuan institusi. Audit Mutu Internal bukanlah asesmen/penilaian melainkan pengecekan kesesuaian antara pelaksanaan dengan perencanaan suatu kegiatan/program. Dari hasil audit tersebut akan didapat simpulan untuk pertimbangan tindak lanjut dan penyusunan arah kebijakan yang baru